在水质监测过程中，由于监测对象的复杂性、时空分布的广泛性以及污染物易受物理、化学、生物等因素的影响，被测组分的浓度范围差异很大。而且，采集结果与样品采集的时间和空间有关，不易准确测量。因此，水质监测包括一系列环节，特别是在大规模环境调查中，往往需要多个实验室同时进行检测。这就要求每个实验室提供的数据在整个监测过程中必须是准确和可比的，否则，任何环节中的任何问题都将直接或间接地影响结果的准确性。
水质监测质量控制是水质监测中十分重要的技术工作和管理工作。质量控制是一种保证监测数据准确可靠的方法，也是科学管理实验室和监测系统的有效措施，它可以保证数据质量，使不同操作人员、不同实验室所提供的监测数据建立在可靠、有用的基础上。水质监测质量控制是对整个监测过程实施全面的质量管理，包括制订计划;根据需要和可能确定监测指标及数据的质量要求，规定相应的分析监测系统。其主要内容有采样、样品预处理、储存、运输、实验室供应，仪器设备、器皿的选择和校准，试剂、溶剂和基准物质的选用，统一测定方法，质量控制程序，数据的记录和整理，各类人员的要求和技术培训，实验室的清洁度和安全，以及编写有关的文件、指南和手册等。
水质监测质量控制主要有实验室内部质量控制和外部质量控制(实验室间质量控制)两个部分。实验室内部质量控制是实验室自我控制质量的常规程序，它能反映监测分析过程中质量稳定性情况，以便及时发现分析中出现的异常，随时采取相应的校正措施。其内容包括空白试验、校准曲线核查、仪器设备的定期标定、平行样分析、加标样分析、密码样分析和编制质量控制图等。外部质量控制通常是由常规监测以外的中心监测站或其他有经验的人员来检查各实验室是否存在系统误差，以便对数据质量进行独立评价，各实验室可以从中发现所存在的系统误差等问题，以便及时校正提高监测质量，增强各实验室监测数据的可比性。
实验室间的质量控制应建立在每个实验室认真执行内部质量控制程序的基础上。常用的方法包括标准样品的分析、实验室间的评价和分析测量系统的现场评价。环境监测实验室的质量控制过程是环境监测实验室监测水平的重要指标，已引起国内外的广泛关注。根据国际标准的要求，为不断提高技术水平和管理水平而成立的中国实验室国家认证委员会，极大地推动了环境监测质量控制的进程。认证委员会的主要内容是：测试结果的公平性、质量方针和目标、组织与管理、组织、技术委员会、质量监督网络、防止不当干预的授权、保护客户的保密性和所有权、比较和能力验证计划、质量体系、审计和审查。测试样本的代表性、有效性和完整性将直接影响测试结果的准确性。因此，必须有效地控制样品的采样过程、样品的接收、流动、储存、处理和鉴别。这是实验室认证的一个特别重点。