实验室间质量控制的主要目的是检查各实验室是否存在系统误差，找出误差来源，提高监测水平，通常由系统的中心实验室完成。上级机关或权威组织负责。
1)责任单位应根据待评估项目的具体情况制定具体的实施计划。
(1)评估方案的内容：质量评估和确定项目、质量评估和分析的方法、参与质量评估的单位、质量评估的统一程序和质量评估结果的评价。
(2)评估内容：标准或统一样本的分析、标准样本的确定、空白平行的确定、检测限的验证、标准系列、相关系数和回归方程式，进行拦截试验，最后评价并在统计处理后公布该单位的综合实验室的数据。
实验室可以及时发现所有存在的问题并及时纠正。工作中的标准样品或统一样品按步骤逐级下发，国家环境监测总站将一级标准分发给省、自治区、直辖市环境监测中心，并直接分布在省、自治区、直辖市环境监测中心。作为环境监测质量保证的基准。二级标准由省、自治区、直辖市环境监测中心按照有关规定编制和验证。浓度的参考值、均匀性和稳定性应由一般国家环境监测站进行验证。可以分发给各实验室，作为质量评估的基准。如果标准样品系列不完整且具有特定用途，省、自治区和直辖市可与合格的实验室和合格分析人员一起配置所需的统一样本，并将其分发至各自的网站。用于质量保证活动。
所有水平的标准样品或统一样品应在规定的条件下保存，如果有超过稳定期的期限，保存条件丢失，有必要使用统一的分析方法降低系统误差，使数据相当。质量控制首先应从国家(或部门)定义的"标准方法"中选择。如果需要根据具体情况选择标准方法以外的其他分析方法，则方法与相应的"标准方法"之间必须进行比较试验。如果根据规定没有显著差异，则可以选择该方法。